Das Institut IWAR umfasst verschiedene Fachrichtungen und trägt somit zur wissenschaftlichen und praktischen Lösung komplexer und interdisziplinärer Aufgaben im Umwelt- und Gewässerschutz bei. Neben den in der Institutsbezeichnung genannten Fachgebieten befasst sich das Institut zusätzlich mit den Bereichen Umweltanalytik, Gewässergütewirtschaft, Abfallwirtschaft und Altlastenerfassung. Das Institut setzt sich aus sechs Fachgebieten zusammen: